Warriors Orochi 3 combineert de geliefde helden van de Dynasty Warriors en Samurai Warriors series in een geheel nieuw verhaal. Het is voor het eerst ook mogelijk om te spelen als karakters uit Ninja Gaiden, Warriors Legends of Troy, Bladestorm en Trinity: Souls of Zill en Dead or Alive!

Jaren na de strijd tegen Orochi, de Slangen koning, hebben de helden van de Three Kingdoms en de Warrings States moeite met de controle over het nieuwe universum waar ze in terecht zijn gekomen. Een enorm en gruwelijk acht-koppig monster doemt dan plots op en verslaat het grootste deel van de strijders.