The Bourne Conspiracy is gebaseerd op de boeken van Robert Ludlum met Jason Bourne in de hoofdrol. Bourne werkt als huurmoordenaar voor de overheid, totdat een missie mislukt en hij eindigt met ernstig geheugenverlies. In The Bourne Conspiracy zul je achter de ware identiteit van Bourne komen en beleef je het moment waarop Bourne veranderde in een defect wapen van de Amerikaanse inlichtingendienst. De game is opgedeeld in twee delen. In flashbacks speel je als de huurmoordenaar die op jacht is naar zijn doelwit. De andere helft van de game speelt zich af in de tegenwoordige tijd. Jason Bourne is daar het doelwit van de Amerikaanse overheid. In die delen ben je dus niet op jacht, maar op de vlucht.

Hoewel The Bourne Conspiracy officieel is gebaseerd op de boeken van Robert Ludlum, toont de game vooral veel overeenkomsten met de actiefilms met Matt Damon in de hoofdrol. Veel scíÂnes uit de films worden in de game nagespeeld. In The Bourne Conspiracy moeten gamers dan ook veel rennen, schieten, rijden en vooral veel vechten. De gevechten draaien om de creativiteit van de speler. Niet alleen kan er met vuisten geslagen worden, alles in de omgeving is een potentieel wapen. Tegenstanders kunnen tegen muren geramd worden en door tafels gesmeten. Een pen is in de handen van Jason Bourne een gevaarlijk wapen en ook een boek of een opgerolde krant kan hij gebruiken in zijn gevechten.