Een halve eeuw nadat de Red Faction vrijheidsstrijders mars hebben bevrijd, dreigt de rode planeet weer een slagveld te worden. Een nieuwe oorlog dreef de kolonisten terug naar de ondergrondse mijnen, wanneer een nieuwe oorlog het oppervlak onbewoonbaar maakte.  De vrede keerde weer terug, maar als Darius Mason, de kleinzoon van de revolutionaire helden Alec Mason en Samanya, onbewust een oud buitenaards ras doet ontwaken, barst Armageddon los op Mars. Terwijl nederzettingen overrompeld worden door deze nieuwe vijand, lijkt Darius de enige te zijn die de mensheid nog kan redden. Dit gevecht zal hem naar de kern van de door stormen geteisterde planeet leiden via ijsgrotten en lavastromen tot hij oog in oog staat met de oorzaak van deze nieuwe dreiging.