In Conflict: Denied Ops spelen twee CIA-agenten van de Special Activities Division (SAD) de hoofdrol. Hun missie is te voorkomen dat de dictator van een derdewereldland zijn hand weet te leggen op kernwapens. Hun missie leidt de agenten over drie continenten waar ze vele machtige en gevaarlijke vijanden tegenkomen. Bij het wapenarsenaal dat spelers tot hun beschikking hebben bevinden zich allerlei voertuigen en de mogelijkheid een luchtaanval te laten uitvoeren. Daarbij moet je niet vergeten dekking te zoeken, omdat de brokstukken je in dit spel om de oren kunnen vliegen. Samenwerking is de sleutel tot overleven in Conflict: Denied Ops. Daarom is het mogelijk om op elk moment te wisselen tussen de twee agenten, die elk hun eigen specialiteiten en wapens hebben. Het is echter ook mogelijk de hele game met twee personen door te spelen. Dit kan zowel online als met twee mensen op een scherm.