Child of Eden werpt de speler midden in een gevecht om Project Lumi te redden. Project Lumi is een missie om een menselijke persoonlijkheid te recreëren in Eden, het archief van het geheugen van alle mensen. In de laatse fasen van het project, dringt echter een onbekend virus het systeem binnen en het is nu aan de speler om Eden te redden van het virus en de hoop en vrede te herstellen.