De tijd is niet aardig geweest voor Spencer. Vijf jaar na zijn heldendaad van het verslaan van de Imperials is hij verraden door de overheid waarvoor hij heeft gewerkt. Hij is gevangen genomen voor misdaden die hij niet heeft gedaan en heeft de doodstraf opgelegd gekregen.
Op de dag van Spencers executie ontploft er een massief wapen in Ascension City. Een intense aardbeving heeft de stad veranderd in een chaos en alle populatie is uitgestorven. De stad is onder controle van de terroristen en de FSA heeft nog meer een optie over: een aanval van achter de lijnen. Dit is een perfecte taak voor een Bionic Commando.