De 18e eeuw, Noord Amerika. Shay Patrick Cormac is een onbevreesd, jong lid van de orde van de Assassins. Hij ondergaat, tussen het geweld van de Franse en Indiase oorlog door, een duistere transformatie, dat de toekomst van de broederschap voor altijd verandert. Na een ruzie over een missie die tragisch afliep, wordt Shay verraden door de Assassins die hem proberen te vermoorden. Na aan de kant gezet te zijn door zijn broeders, maakt Shay het zijn doel om elke Assassin die zich tegen hem keerde te vermoorden, om zo de meest gevreesde Assassin jager ooit te worden.

Assassin's Creed Rogue is het meest duistere deel in de Assassin's Creed-franchise tot nu toe. Ervaar de transformatie van Assassin naar Assassin jager als Shay. Volg je eigen regels en begin aan een ongelooflijke reis door New York, de River Valley en ver weg naar de koude wateren van de Noord Atlantische Oceaan, met als einddoel; het uitschakelen van de Assassins.